Akatsuki hat zu keiner Zeit mehr als 10 Mitglieder.
Es ist kein Kriterium bekannt um in die
Organisation einzutreten,
doch alle bekannten Mitglieder haben
ihre Beziehungen zu ihren Heimatstädten
abgelegt und sind als S-Klasse Kriminelle
eingetragen,
die gefährlichsten und meistgesuchten
Personen der Serie.

Mitglieder von Akatsuki arbeiten
grundsätzlich in Zweier-Teams.
Die Teams werden erstellt um die
einzelnen Fähigkeiten und Talente der
Mitglieder zu vervollständigen und ein
perfektes Duo zu kreieren.
Hidan und Kakuzu zum Beispiel,
nutzen Hidan's Unsterblichkeit zu
ihrem Vorteil indem Kakuzu Fernkampfangriffe auf jene einsetzt,
die von Hidan festgehalten werden.
Hidan überlebt diese Angriffe,
was für die Gegner fatal ist.
Zetsu bildet eine Ausnahme,
er arbeitet immer alleine.

Auch Mitglieder,
deren Partner verstorben sind,
arbeiten alleine,
bis ihnen ein neuer Partner zugeteilt wird.
Die Mitglieder entwickeln eine Art
Beziehung zu ihren Partnern,
die eine Loyalität zum Partner schafft.
Allerdings kümmern sich die Mitglieder
nicht um die Schicksale ihrer Partner,
ihr Interesse gilt dann lediglich dem,
der stark genug war,
ihn zu töten.

Akatsuki ist eine weit verbreitete
Organisation,
dessen Mitglieder durchgehend zwischen
den Ländern hin- und herreisen.
Ihre zahlreichen Agenten sind in vielen
Dörfern auf der ganzen Welt
verbreitet.
Diese Agenten arbeiten jeweils für
einzelne Mitglieder aus verschiedensten Gründen:
Sasori hat einige Agenten in einem
Zustand der Gedankenkontrolle,
um sie als Spione einzusetzen.
Kakuzu hingegen hat eine Gruppe von Leuten,
die sich um seine Finanzen kümmern.
Weil die einzelnen Mitglieder oft weit
von einander entfernt sind,
ist ein persönliches Treffen nur schwer möglich.
Dafür können sie über eine Form der
Telepathie miteinader kommunizieren.
Auch können sie Sitzungen halten,
bei denen die abwesenden Mitglieder als
Projektion anwesend sind.
Im zweiten Teil der Serie finden
solche Treffen häufiger statt,
bedingt durch ihre erhöhte Aktivität.